Prof. Mroczkowski ukończył w 1992 r. I Wydział Lekarski AM w Warszawie. Podczas studiów zaangażowany w proces przemian politycznych w kraju, pełnił m.in. funkcję dyrektora Biura Zagranicznego KKK NZS, w 1991 stypendium na Uniwersytecie w Zürichu. Bezpośrednio po studiach praca poza medycyną jako koordynator nowo powołanej Polsko-Niemieckiej Współpracy Młodzieży w biurze w Poczdamie. W latach 1995-2002 praca w Klinice Nowotworów Tkanek Miękkich i Kości Centrum Onkologii w Warszawie, w tym czasie specjalizacja I° z chirurgii ogólnej i II° z chirurgii onkologicznej. W 1998-1999 r. stypendium DAAD i doktorat na Uniwersytecie w Tybindze. W 2002 r, stypendium KAAD na Uniwersytecie w Münster, od tego czasu praca na terenie Niemiec, m.in. od 2004 r na Uniwersytecie w Magdeburgu. Specjalizacja z chirurgii, chirurgii trzewnej i proktologii, w 2011 r. habilitacja nt europejskiego projektu badania jakości w raku kolorektum. Od 2015 profesor wizytujący w Klinice Chirurgii Ogólnej i Kolorektalnej UM w Łodzi, opiekun przeprowadzanych w Niemczech praktyk i staży studentów i absolwentów UM w Łodzi m.in. w ramach programu ERASMUS. Od 2016 profesor nadzwyczajny Uniwersytetu w Magdeburgu. Obecnie wicedyrektor Kliniki Chirurgii Uniwersytetu w Bochum.
Działalność naukowa koncentrująca się na kwestii jakości chirurgicznej, chirurgii onkologicznej i chirurgii kolorektalnej. Staże naukowe m.in. w Szwecji, Norwegii, Wielkiej Brytanii, Japonii i USA. Członek wielu międzynarodowych stowarzyszeń naukowych, członek honorowy Towarzystwa Chirurgów Polskich.